Suite à une proposition pour la création d'un registre Internet pour l'Afrique par quelques pioniers de l'Internet en Afrique, lors d'un atelier INET en Malaisie (1997), un comité de pilotage a été mis en place pour travailler sur la structure et le plan d'affaires d'AFRINIC.
L'idée derrière l'initiative était d'adopter les politiques d'allocation appliquées par les RIRs (RIPE NCC et APNIC) aux réalités africaines. En 2000, cette proposition a abouti à un consensus sur la création de l'AfNOG (le groupement des opérateurs de réseaux africains).
De plus, les premiers observateurs d'AFRINIC ont été nommés au Conseil de l'adresse de l'organisation de soutien aux adresses (ASO AC) au cours de la même année. En 2001, le comité directeur a recommandé la nomination d'un premier conseil d'administration basé sur une représentation sous-régionale. Le Dr Nii Quaynor a présidé le premier conseil d'administration d'AFRINIC avec pour mission de formaliser l'organisation et de travailler à son accréditation en tant que registre Internet régional (RIR).
En 2004, après une sélection de pays hôtes potentiels, AFRINIC a été incorporé à Maurice. Il a été décidé que le Conseil serait composé de représentants élus des six sous-régions identifiées en Afrique (Nord, Ouest, Centre, Est, Océan Indien et Australe).
AFRINIC était enregistré à Maurice avec ses opérations dispersées en Afrique du Sud (opérations techniques), en Egypte (sauvegarde des données) et au Ghana (coordination de la formation)
En avril 2005, L'ICANN accrédite AFRINIC en tant que cinquième registre Internet régional selon les critères définis dans son document PCI-2 (critères pour la création de registres Internet régionaux).